해양생태계의 심각한 훼손이 우려되어 긴급한 보호가 필요하다고 인정되는 지역 또는 해역에 대하여 「해양생태계의 보전 및 관리에 관한 법률」에 따라 지정·고시된 구역을 말한다.

긴급해양보호구역은 해양보호구역 지정기준인 다음의 어느 하나에 해당하는 지역 또는 해역으로서 해양생태계의 심각한 훼손이 우려되어 긴급한 보호가 필요하다고 인정되는 지역 또는 해역에 대하여 해양수산부장관이 지정·관리한다.

① 해양의 자연생태가 원시성을 유지하고 있거나 해양생물다양성이 풍부하여 보전 및 학술적 연구가치가 있는 해역

② 해양의 지형·지질·생태가 특이하여 학술적 연구 또는 보전이 필요한 지역

③ 해양의 기초생산력이 높거나 해양보호생물의 서식지·산란지 등으로서 보전가치가 있다고 인정되는 해역

④ 다양한 해양생태계를 대표할 수 있거나 표본에 해당하는 해역

⑤ 산호초·해초 등의 해저경관 및 해양경관이 수려하여 특별히 보전할 필요가 있는 해역

⑥ 해양생태계의 탄소흡수원 기능을 유지하거나 증진하기 위하여 보전이 필요한 지역

⑦ 그 밖에 해양생태계의 효과적인 보전 및 관리를 위하여 특별히 필요한 해역으로서 다음의 어느 하나에 해당하는 곳 중 연안 또는 해양에 해당하는 구역

- 환경보전해역, 습지보호지역(연안습지만 해당), 수산자원보호구역, 자연공원(해양에 해당하는 곳에 한함), 천연기념물로 지정된 구역 및 그 보호구역(해양에 해당하는 곳에 한함), 야생생물특별보호구역(해양에 해당하는 곳에 한함)

긴급해양보호구역을 지정·고시한 날부터 1년 이내에 동 구역이 해양보호구역으로 지정되지 아니하는 경우에는 긴급해양보호구역의 지정이 해제된 것으로 본다.