자연환경·수자원·해안·생태계·상수원 및 문화재의 보전과 수산자원의 보호·육성 등을 위하여 필요한 지역으로서 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 에 따라 도시·군관리계획으로 결정·고시된 지역을 말한다.

자연환경보전지역은 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 에 의한 용도지역 중의 하나이며, 자연환경·상수원 보전과 수산자원 보호·육성 등을 위하여 필요한 지역을 대상으로 지정한다.

관리지역 안의 산림 중 「산지관리법」 에 따라 보전산지로 지정·고시된 지역으로서 해당 고시에서 자연환경보전지역으로 구분된 지역은 자연환경보전지역으로 결정·고시된 것으로 보며, 이의 해제가 있는 경우로서 관계 법령에서 어떤 용도지역에 해당되는지를 따로 정하고 있지 아니한 경우에는 이를 지정하기 이전의 용도지역으로 환원된 것으로 본다.

자연환경보전지역 안에서 건폐율 및 용적률의 최대한도는 각각 20% 이하, 50% 이상 80% 이하 범위에서 관할 구역의 면적과 인구 규모, 용도지역의 특성 등을 고려하여 특별시·광역시·특별자치시·특별자치도·시 또는 군의 조례로 정한다.

자연환경보전지역 안에서 건축물의 용도·종류 및 규모 등의 제한은 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률 시행령」 별표 22에서 정하고 있으며, 특별시·광역시·특별자치시·특별자치도·시 또는 군의 조례에서 구체적으로 정하고 있다. 다만, 자연환경보전지역 중 「자연공원법」 에 따른 공원구역, 「수도법」 에 따른 상수원보호구역, 「문화재보호법」 에 따라 지정된 지정문화재 또는 천연기념물과 그 보호구역, 「해양생태계의 보전 및 관리에 관한 법률」 에 따른 해양보호구역인 경우에는 각각 해당 법령에서 정하는 바에 따르고, 수산자원보호구역인 경우에는 「수산자원관리법」 에서 정하는 바에 따른다.