지하수자원의 보전·관리가 필요한 지역으로서 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 에 따라 지정·고시된 구역을 말한다.

지하수자원특별관리구역은 다음의 어느 하나에 해당하는 지역을 대상으로 도지사가 지정한다.

① 지하수위가 현저하게 낮아지고 있거나 낮아질 우려가 높은 지역

② 해수 또는 염수 침입의 우려가 높거나 지하수 중의 염소이온농도가 먹는물 수질기준을 초과하고 있는 지역

③ 장래 용수수요를 위하여 지하수의 개발·이용을 제한할 필요가 있는 지역

④ 그 밖에 지하수의 수량과 수질보전을 위하여 도조례로 정하는 다음에 해당하는 지역

- 국가 또는 제주자치도가 설치한 상수원 또는 농업용수의 취수량과 수질보전을 위하여 필요하다고 인정되는 지역

- 지하수의 오염으로 지하수 이용에 지장을 초래하거나 오염될 경우 향후 지하수 이용에 지장을 줄 우려가 있는 지역

- 지하수 함양량 증대를 위하여 지하수 허가 제한 등 보전·관리가 필요한 지역

지하수자원특별관리구역 안에서는 도조례가 정하는 바에 따라 지하수개발·이용허가와 그 허가기간 및 취수량 등을 제한할 수 있다.