해양환경기준의 유지가 곤란한 해역 또는 해양환경 및 생태계의 보전에 현저한 장애가 있거나 장애가 발생할 우려가 있는 해역으로서 해양환경의 보전·관리를 위하여 「해양환경관리법」 에 따라 지정·고시된 해역(해양오염에 직접 영향을 미치는 육지 포함)을 말한다.

특별관리해역의 해양환경 상태 및 오염원을 측정·조사한 결과 해양환경기준을 초과하게 되어 국민의 건강이나 생물의 생육에 심각한 피해를 가져올 우려가 있다고 인정되는 경우에는 특별관리해역 안에서 시설의 설치 또는 변경의 제한, 특별관리해역 안에 소재하는 사업장에서 배출되는 오염물질의 총량규제의 조치를 받는다.

「해양환경관리법」 에 의한 특별관리해역은 다음과 같다.