해양생물다양성이 풍부하여 생태적으로 중요하거나 해양경관 등 해양자산이 우수하여 특별히 보전할 가치가 큰 구역으로서 「해양생태계의 보전 및 관리에 관한 법률」 에 의하여 해양수산부장관이 지정·고시하는 구역을 말한다.

해양보호구역은 해양에서 각종 개발·이용행위의 증가로 인하여 해양생물 서식지 및 산란지 파괴 등 해양생태계 훼손이 급격히 진행되고 있어 보전가치가 있는 해양생태계를 보호구역으로 지정하여 훼손행위를 예방하기 위하여 도입된 제도이다.

해양보호구역은 해양의 자연생태가 원시성을 유지하고 있거나 해양생물다양성이 풍부하여 학술적 연구가치가 있는 해역 및 보호대상해양생물의 서식지·산란지 등으로서 보전가치가 있다고 인정되는 해역 등에 지정하며, 건축물의 신축·증축 행위 등 해양생태계를 훼손하는 행위는 금지된다.

해양보호구역은 해양생태계의 특성에 따라 다음과 같이 세부구역으로 구분하여 지정·관리한다.

① 해양생물보호구역 : 해양보호생물의 보호를 위하여 필요한 구역을 말한다.

② 해양생태계보호구역 : 해양생태계가 특히 우수하거나 해양생물다양성이 풍부한 구역 또는 취약한 생태계로서 훼손되는 경우 복원하기 어려운 구역을 말한다.

③ 해양경관보호구역 : 바닷가 또는 바다 속의 지형·지질 및 생물상 등이 해양생태계와 잘 어우러져 해양경관적 가치가 탁월한 구역을 말한다.

시·도해양보호구역은 해양보호구역에 준하여 보전할 필요가 있다고 인정되는 지역 또는 해역을 대상으로 시·도지사가 지정·고시한 지역을 말하며, 해양보호구역에 준하여 지방자치단체의 조례가 정하는 바에 의하여 해양생물의 포획·채취를 제한할 수 있다.

시·도해양보호구역은 해양생태계의 특성에 따라 다음과 같이 세부구역으로 구분하여 지정·관리한다.

① 시·도해양생물보호구역 : 시·도의 보호대상해양생물의 보호를 위하여 필요한 구역을 말한다.

② 시·도해양생태계보호구역 : 시·도의 해양생태계가 특히 우수하거나 해양생물다양성이 풍부한 구역 또는 취약한 생태계로서 훼손되는 경우 복원하기 어려운 구역을 말한다.

③ 시·도해양경관보호구역 : 시·도의 바닷가 또는 바다 속의 지형·지질 및 생물상 등이 해양생태계와 잘 어우러져 해양경관적 가치가 탁월한 구역을 말한다.