국민의 건강과 해양환경을 보호하기 위하여 국가가 달성하고 유지하는 것이 바람직한 해양환경상의 수준을 말한다. 해양수산부장관은 「환경정책기본법」에 따른 환경기준을 고려하여 해양환경 및 해양생태계의 보전을 위한 시책에 필요한 해양환경기준을 관계 중앙행정기관장의 의견을 들은 후 해역별·용도별로 설정·고시하여야 한다. 또 시·도지사는 관할해역의 특수성을 고려하여 필요하다고 인정되는 경우에는 미리 해양수산부장관의 승인을 받아 해양환경기준보다 강화된 별도의 지역해양환경기준을 설정·변경할 수 있다. 국가 및 지방자치단체는 해양환경에 관계되는 계획의 수립 또는 사업의 집행을 할 때에는 해양환경기준이 유지되도록 다음 사항을 고려하여야 한다.

①해양오염 원인의 제거 또는 해양오염의 최소화

②해양생태계 훼손원인의 제거 및 해양생태계의 복원

③ 해양환경 보전 및 활용을 위한 재원의 적정배분

해양수산부장관은 해양환경의 상태가 양호한 해역으로서 지속적으로 보전이 필요한 해역, 해양환경기준의 유지가 곤란한 해역, 해양환경 보전에 현저한 문제가 있거나 문제가 발생할 우려가 있는 해역으로 구분하여 해양환경관리해역을 지정하는 등 해양환경을 체계적으로 보전·관리하면서 지속적으로 개발·이용하기 위한 시책을 마련하여야 한다.